O Internacional foi extinto em 1910 e o Americano mudou sua sede para São Paulo, deixando alguns praticantes descontentes e que decidiram então criar o seu próprio clube na cidade. Em 1912, Santos já era a principal cidade exportadora de café do mundo. Os negócios iam bem e a cidade atraía cada vez mais o dinheiro dos fazendeiros do Interior.
Com um clima tão favorável, três desportistas da cidade, Raymundo Marques, Mário Ferraz de Campos e Argemiro de Souza Júnior, convocaram uma reunião para às 14 horas do domingo 14 de abril, na sede do Clube Concórdia, localizado na Rua do Rosário - atual Avenida João Pessoa, na parte superior da antiga padaria e confeitaria Suissa, para a criação de um time de futebol.
No dia 5 de abril de 1912, eles convocaram outros colegas de Santos – todos estudantes ou funcionários de empresas de comércio através de uma circular que dizia o seguinte: “Para tratar da fundação de um clube de futebol, queira v.s. comparecer, no dia 14, às 20 horas, no salão do Clube Concórdia, à rua do Rosário, n.º 10.”
Isso, pouco menos de 20 anos depois do jovem Charles Miller, precursor do futebol no Brasil, ter aportado em Santos com as duas primeiras bolas de futebol utilizadas no país.
Apenas 39 rapazes compareceram, dentre eles muitos que formariam nos primeiros times do Santos e alguns, como Millon e Arnaldo, que em menos de dois anos estariam defendendo a Seleção Brasileira. Raimundo Marques, que morreria seis anos depois, vítima da “gripe espanhola”, abriu a seção falando da necessidade de Santos ter um time de futebol, visto que o futebol na cidade, depois de um início promissor, tinha sido completamente abandonado.
Ao discutir-se o nome da nova agremiação surgiram algumas sugestões: “África” foi a primeira, rejeitada por Raimundo Marques depois de consultar o plenário. Em seguida sugeriu-se “Brasil”, nome também não aprovado. Álvaro de Barros Fontes quis fazer média com o clube que emprestara o salão para a reunião e arriscou “Concórdia”. Mas se já existia um clube com este nome, para que outro?
Foi então que Edmundo Jorge Araújo propôs “Santos Foot Ball Club”. Um silêncio, seguido de fortes aplausos aprovou adotar-se o nome da cidade, menor que as grandes capitais, mas que através de seu porto, um dos maiores do país, se ligava e se abria ao mundo. Raimundo Marques pôde então concluir: “Meus senhores, acaba de ser fundado o Santos Foot Ball Club. Eram 14 horas e 33 minutos do domingo, 14 de abril de 1912.
A primeira Diretoria ficou formada por Sizino Patuska (presidente), que tinha participado das fundações de Internacional e Americano; George Cox (vice-presidente); José G. Martins (1° secretário); Raul Dantas (2° secretário); Leonel Silva (1° tesoureiro) e Dario Frota (2° tesoureiro). Os diretores eram: Augusto Bulle, João Carlos de Mello, Henrique Cross, Raymundo Marques, Cícero F. da Silva e Jomas de C. Pacheco.
Na mesma reunião foram decididas as cores do clube. O uniforme oficial escolhido era constituído por uma camisa com listras verticais azuis e brancas, separadas por um fio dourado, em homenagem ao Clube Concórdia, onde a reunião foi realizada.
Mas devido a grande dificuldade de se confeccionar os uniformes, quase um ano depois, na terceira reunião de diretoria, o sócio Paulo Pelúcio sugeriu que o clube passasse a utilizar como cores oficiais o branco e o preto. Em defesa de sua idéia, disse que "o branco representa a paz, e o preto, a nobreza". E conseguiu aprovação geral dos presentes.
Na oportunidade, o presidente do Santos, Raymundo Marques, apresentou os modelos da bandeira do clube, que passaria a ser branca, diagonalmente atravessada por uma faixa preta com as iniciais do clube em letras brancas.
Para o primeiro jogo do Santos duas versões são dadas por historiadores do clube. A primeira, segundo o conselheiro Guilherme Gomez Guarche, aponta que o primeiro jogo teria ocorrido em 23 de junho de 1912 contra o combinado local do Thereza Team, no campo da Vila Macuco. Vitória de 2 X 1 com gols de Anacleto Ferramenta e Geraule Ribeiro. O time entrou em campo com: Julien Fauvel - Simon e Ari – Bandeira - Ambrósio e Oscar – Bulle – Geraule – Esteves - Fontes e Anacleto Ferramenta.
O historiador oficial do clube, Francisco Mendes Fernandes contesta isso, dizendo que esta partida foi um jogo treino. A outra, apontada por ele como a verdadeira, teria ocorrido apenas em 15 de setembro daquele ano contra a equipe do Santos Athletic Club, conhecido como “time dos ingleses”, no campo da avenida Ana Costa, nº 22 - local onde hoje se encontra a Igreja Coração de Maria. O Santos Futebol Clube venceu por 3 X 0.
Em 1913, foi disputado pela primeira vez o Campeonato Santista de Futebol, contando com a participação de Santos, América, Escolástica Rosa e Atlético. O Alvinegro, que já era o time mais forte da cidade, não teve dificuldades para conquistar o título com seis vitórias em seis jogos, 35 gols pró e apenas sete contra. Este foi o primeiro título da história do clube, ganhando o direito de participar do Campeonato Paulista de Futebol, no mesmo ano. Porém, as dificuldades com as viagens constantes e os resultados ruins nos jogos, forçaram a equipe a abandonar o certame.
Esta foi a primeira competição oficial disputada pelo clube. Sua estréia aconteceu no dia 1° de junho, diante do Germânia. O resultado, porém, não foi nada animador: derrota por 8 X 1. O Santos formou com Durval Damasceno - Sebastião Arantes e Sydnei Simonsen - Geraule Ribeiro - Ambrósio Silva e José Pereira da Silva - Adolfo Millon - Nilo Arruda - Anacleto Ferramenta - Harold Cross e Arnaldo Silveira.
A única vitória foi justamente contra o time que no futuro se tornaria o principal rival, e que também estreava no campeonato naquele ano: o S.C. Corinthians Paulista. O resultado foi 6 X 3, em jogo disputado no Parque Antárctica, na capital.
Em 1915, o Santos voltou a disputar o Campeonato Santista, conseguindo o segundo título, embora tenha usado o nome de União F.C., porque a APEA, liga a qual permaneceu afiliado, não permitiu que usasse o nome oficial. Em 1916, disputou pela segunda vez o Campeonato Paulista.
Ary Patusca foi um dos primeiros ídolos do Santos F.C. Filho de Sizino Patuska, primeiro presidente da agremiação litorânea, estreiou como jogador em 1915. Jogou até 1923. Atacante goleador e grande cabeceador, marcou 103 gols em 85 jogos com a camisa santista, sendo o vigésimo maior artilheiro de sua história.
Foi também o primeiro jogador brasileiro a se destacar na Europa, aonde foi enviado para estudar na Suíça. Lá, entrou para o Brühl St. Gallen e foi campeão suíço de futebol, chegando até a jogar na seleção helvética. Depois atuou na Internazionale, de Milão, no período de 1913-1915. (Pesquisa: Nilo Dias)