Nos primeiros anos de sua existência, por não haver competições organizadas na cidade, a atividade futebolística do Paulista se limitava a disputas internas entre os associados e esporádicos jogos amistosos contra outras equipes. Em seus primeiros tempos, o clube utilizou um campo na atual Vila Rio Branco, e em 1913 mudou-se para instalações em um terreno na Vila Leme.
Em 1919, o Paulista filiou-se a A.P.E.A Associação Paulista de Esportes Athléticos (A.P.E.A.), precursora da atual Federação Paulista de Futebol (FPF) e passou a disputar o Campeonato do Interior, tendo como adversários Ponte Preta, Guarani, Rio Claro, XV de Piracicaba, Comercial, Taubaté e Corinthians Jundiaiense, entre outros. Logo em seu primeiro ano na competição, o Paulista sagrou-se campeão da fase. No jogo final, em São Paulo, contra o Club Athleético Paulistano, campeão da capital, o Paulista perdeu por 5 X 4. O gol do título foi marcado pelo lendário Friedenreich.
Em 1928 foi inaugurada a iluminação do campo da Vila Leme, graças a contribuições financeiras da Companhia Paulista de Estradas de Ferro, com um amistoso contra a Ponte Preta que terminou empatado em 2 X 2. Nesse mesmo ano o Paulista transferiu-se da A.P.E.A. para a L.A.F. (Liga de Amadores de Futebol). Em 1930 a Liga foi desfeita e o Paulista voltou a disputar os campeonatos da A.P.E.A., o que fez até 1933, quando ingressou na recém-criada Federação Paulista de Futebol.
Em 1948, o Paulista, até então um clube basicamente aos ferroviários, assumiu o papel de representante de toda a cidade na recém criada segunda divisão paulista. Já como clube profissional, o Paulista precisava de um estádio em melhores condições que o velho campo da Vila Leme. E assim foi construído em uma área do Jardim Pacaembu, o atual Estádio Jayme Cintra, com capacidade para 15 mil expectadores, inaugurado em 1957 num jogo amistoso em que o Paulista veneceu o Palmeiras por 3 X 2.
O time só conseguiu subir para a primeira divisão depois de 20 anos, em 1968 quando foi campeão invicto do Ascenso. A alegria durou 10 anos, pois em 1978, o time foi rebaixado e voltou a disputar a segunda divisão estadual . E teve de amargar seis longos anos fora da elite paulista. Em 1984, conseguiu voltar à primeira divisão, porém não resistiu mais do que dois anos, caindo outra vez para a segunda divisão.
Sem muitas alternativas para enfrentar as dificuldades financeiras, o Paulista passou a ver na associação com empresas a melhor alternativa para estruturar-se, ganhar competitividade, retornar à Primeira Divisão e nela permanecer em condições de estabilidade. A primeira experiência nesse sentido foi em 1986, com o grupo coreano Magnata, que não teve conseqüências relevantes.
Em 1995 a associação foi com a Lousano, quando mudou o nome para Lousano Paulista. Com muitos recursos financeiros não foi difícil subir da Série A-3 para à Série A-2 em 1995, e a ganhar a Copa São Paulo de Futebol Júnior em 1997, após derrotar o poderoso Corinthians. A parceria foi desfeita em 1998 e no mesmo ano conseguiu novo investidor, a Parmalat. E veio uma outra troca de nome, desta vez para Etti Jundiaí. A parceria deu certo e o time voltou à Série A-1 do Paulistão e à Série B do Campeonato Brasileiro.
Com o fim da parceria em 2002, o clube passou a se chamar Jundiaí Futebol Clube. A realização de um plebiscito entre a população optou pela volta do nome original de Paulista Futebol Clube. A partir daí o “Galo da Japi” conheceu sua melhor fase. Em 2004, dirigido pelo técnico Zetti foi finalista do Campeonato Paulista, depois de eliminar o Palmeiras. Na partida final, perdeu para o São Caetano, que foi o campeão daquele ano.
Em 2005, o Paulista conquistou o título de maior expressão em sua história, o de campeão da Copa do Brasil. Sob o comando do técnico Wagner Mancini, eliminou em sua vitoriosa trajetória somente times da 1ª Divisão Nacional. Juventude, Botafogo, Internacional, Figueirense, Cruzeiro e Fluminense conheceram a força do time jundiaiense, que se classificou para disputar pela primeira vez a Copa Libertadores da América.
Numa competição tão difícil, o Paulista não conseguiu passar da primeira fase. Mas ainda assim deixou sua marca, ao derrotar o grande River Plate da Argentina, por 2 X 1, em histórico jogo disputado no estádio Jaime Cintra, em Jundiaí. Nesse mesmo ano de 2006, o Paulista aplicou a maior goleada da história da Série B, ao vencer o Paysandu, de Belém do Pará, por 9 X 0.
No ano seguinte a boa fase chegou ao fim. Depois de uma péssima campanha na segunda divisão, o Paulista acabou rebaixado para a Série C de 2008.
A mascote do Paulista é o Galo. A adoção do animal como símbolo do clube veio em 1940, quando em uma partida contra seu maior rival, o Comercial, um galo foi jogado em campo enquanto o tricolor vencia a partida. Os jogadores do Comercial começaram a “caçar” o galo e a torcida do Paulista, é claro, torceu pelo animal.
Alguns jogadores importantes do futebol brasileiro vestiram a camisa do Paulista. Entre eles, Toninho Cerezo, Neto e Casagrande. Recentemente, o grande nome do time foi o meia Marcio Mossoró, destaque na conquista da Copa do Brasil de 2005, que foi para o Internacional, de Porto Alegre, sendo campeão da Libertadores de 2006 e do Mundial de Clubes no mesmo ano.
No início de 2009, o Paulista acabou montando seu elenco às pressas e lutou contra o rebaixamento até a última rodada, mesmo assim ainda conseguiu a classificação para a recém criada série D, do Campeonato Brasileiro.
Os principais títulos do Paulista em toda a sua história foram: Série A-2 do Campeonato Paulista (1968 e 2001); Campeonato Brasileiro da Série C (2001); Copa do Brasil (2005); Copa da Federação Paulista de Futebol (1999); Campeonato Paulista do Interior (1919 a 1921).
Em janeiro de 2007 o Paulista passou a fazer parte do projeto Campus Pelé que é um ambicioso e inovador projeto de estímulo aos jovens jogadores brasileiro. O Paulista é um dos pilares do projeto, sendo os outros: construção do Campus Pelé (Jundiaí), utilização da marca Pelé, parceria com um clube europeu, o FC Lausanne Sport (Suíça) e incorporação do Litoral Futebol Clube (Santos). (Pesquisa: Nilo Dias)
Os fundadores do Paulista Futebol Clube, junto a locomotiva 34 da CPEF. (Foto: Acervo do Paulista Futebol Clube)