Em 1929, com a quebra da Bolsa de Valores de Nova York, os cafeicultores não tiveram mais condições de investir maciçamente no clube, que passou a enfrentar sérias crises financeiras. Em 1936 foi fechado o Departamento de Futebol Profissional, depois que o clube havia contratado os irmãos Bertoni, jogadores uruguaios, que ganhavam altos salários para a época.
Descontentes com isso, e querendo receber o mesmo, os demais jogadores se revoltaram. As finanças foram se deteriorando e as dívidas se acumulando. E a situação ficou pior quando os sócios de maiores posses, aqueles que achavam que o futebol deveria ser praticado por amor à camisa, se afastaram.
Com a possibilidade do futebol levar o clube à falência, jogando fora um patrimônio valioso, comercialinos como Camilo de Mattos e Antônio Uchôa Filho resolveram intervir. Convocaram uma assembléia e o Comercial foi anexado à Sociedade Recreativa que em 1937 absorveu a dívida de 40 contos que o Comercial chegou a dever para agiotas. Os diretores sumiram e só sobrou um Conselho, que tinha como presidente o mesmo dirigente que presidia a Recreativa.
O clássico da cidade entre Commercial X Botafogo teve início na década de 1930. Até 1936, tempo do amadorismo, foram realizados 19 jogos entre os dois times, mas ainda não era usado o termo "Come-Fogo". Foram 11 vitórias para o Commercial, 3 para o Botafogo e 5 empates. O primeiro jogo desta fase foi realizado no dia 30 de novembro de 1930, com resultado de 3 X 0 para o Comercial. O último jogo da fase aconteceu em 29 de março de 1936, com vitória comercialina por 3 X 1. De 1930 a 1954 não foram realizados jogos entre os dois times.
Passaram-se quase 20 anos para que o Comercial voltasse a campo. Em 1954, um grupo de antigos e fiéis comercialinos se reuniu para estudar o ressurgimento do clube. Entre eles, Domingos João Batista Spinelli, Oscar Moura Lacerda, José Monteiro, Áureo Alves Ferreira, Geraldo Leite de Castro, Pedro Paneli, José Grota, Belmácio Godinho, Jamil Jorge, Agenor Saheb, Antídio de Almeida, Lourenço Gueringueli, Álvaro de Oliveira, Monteiro de Barros, Prisco da Cruz, Arlindo Vallada, Jaime de Oliveira Vallada, Romero Barbosa, Baudilio Biagi, Plínio de Castro Prado e Francisco de Palma Travassos, que doou o terreno onde foi construído o estádio que leva seu nome.
No dia 8 de abril daquele ano, o Comercial foi reorganizado e em 7 de outubro, numa fusão com o Paineiras Futebol Clube, já filiado a Federação Paulista de Futebol, o “Leão do Norte” estava pronto para disputar o Campeonato Paulista da Segunda Divisão de Profissionais daquele ano. O nome do clube foi atualizado, passando de Commercial Football Club para Comercial Futebol Clube.
A reaparição do Comercial nos gramados se deu num amistoso estilo jogo-treino em agosto de 1954, na Fazenda Dumont, onde o Leão enfrentou o time local e venceu por 3 X 0. Em 15 de agosto de 1954, o Comercial enfrentou a A.A. Francana, em Franca e perdeu por 2 X 0. Era o primeiro jogo amistoso contra uma equipe profissional.
A primeira vitória do Comercial sobre um time profissional deu-se em 28 de agosto de 1954, quando o clube venceu a A.A. Francana no recém alugado Estádio Antônio da Costa Coelho, localizado na Avenida 1º de Maio, na Vila Virgínia, em Ribeirão Preto. O Comercial utilizou o estádio até o dia 29 de setembro de 1964, quando venceu por 2 X 0 o América F.C., do Rio de Janeiro.
Mesmo após o Comercial deixar de utilizar o estádio, o local ainda continuou recebendo jogos de futebol, porém, amadores. Hoje, o Estádio Costa Coelho ainda existe, e é sede do Clube Mogiana.
Outros amistosos marcaram o ano de retorno do Comercial, mas nenhum deles marcou tanto como o de 14 de novembro de 1954, quando o Comercial perdeu para o São Paulo F.C. por 4 X 2 no Estádio Antônio da Costa Coelho. Apesar da derrota, o jogo marcou o reencontro do “Leão” com grandes clubes.
No retorno aos gramados, o Comercial por pouco não conquistou uma vaga na elite do futebol paulista. O time fez uma campanha sensacional, chegando ás finais contra o Taubaté. O jogo terminou 0 X 0, mas a vitória poderia ter sido do Comercial, que teve um gol legitimo de Ademar, anulado pelo juiz Luís Batista Laurito, embora o bandeirinha tivesse corrido para o centro de campo. E ainda deixou de marcar um pênalti legitimo para o “Leão”. O Taubaté subiu e o Comercial ficou com o vice-campeonato e conhecido como "Campeão sem Coroa".
Em 1958, sem erros de arbitragem o Comercial ganhou o título e subiu para a Divisão Principal do futebol paulista, depois de uma final suada contra o Corinthians, de Presidente Prudente. Foram três jogos: o Comercial perdeu o primeiro fora de casa por 1 X 0, venceu o segundo em Ribeirão Preto, também por 1 X 0 e goleou de 4 X 0 no terceiro, disputado dia 21 de abril de 1958, no Estádio do Pacaembu, em São Paulo. Carlos César marcou duas vezes e Ademar e Lécio completaram o escore. A equipe que chegou ao titulo jogou com Santão – Toninho – Valdemar - Parracho e Candão – Valtinho – Lécio – Ademar – Otávio - Almeida e Carlos César. (Pesquisa: Nilo Dias)
O velho estádio da rua Tibiriçá, hoje desativado e servindo como sede social da Sociedade Recreativa.
