Seus mascotes são a “Aguia” e o “Leão”, por isso é também chamado pelos torcedores de "Leão da Vila Municipal", em homenagem ao antigo bairro da Vila Municipal, hoje Adrianópolis, onde fica seu rico patrimônio social.
O “Torneio Internacional Pacto Amazônico” foi realizado em Manaus no ano de 1981, e vencido pelo Nacional. A competição contou com clubes de países que compõem a Amazônia internacional, como Millonarios, da Colombia, Sporting Cristal e Alianza Lima, do Peru, Tuna Luso, de Belém e Fast Clube, de Manaus, entre outros.
Em 1984 o Nacional, que participava do Brasileirão da Série A, excursionou ao Marrocos para representar o Brasil na “Copa do Rei Hassan”, que contava com as principais equipes da África Setentrional e Oriente Médio. O Nacional foi o primeiro clube do Norte do país a jogar fora da América latina. E fez bonito, vencendo o torneio.
Nos anos 80 o Nacional era um clube consolidado como potência regional, e chegara ao mesmo nível dos paraenses Remo e Paysandu, sempre com uma das maiores médias de público do Norte e Nordeste. Mas em 1987, com a criação do “Clube dos 13”, muitos clubes de grandes torcidas ficaram de fora, exemplo do Nacional. Desde então, o time amazonense nunca mais participou da chamada elite do futebol brasileiro.
Mas corre de boca em boca uma história muito desagradável, fazendo alusão a que a diretoria da época seria corrupta e teria entregue vários jogos. E ainda existe a suspeita histórica de que dirigentes da Federação Amazonense de Futebol e do próprio Nacional, agindo de má fé teriam vendido a vaga do clube amazonense na Série B de 1988 para um clube paulista.
Ainda não se sabe se é um fato ou apenas boato, porém a época o Nacional tinha considerável colocação no ranking brasileiro, colocando-se entre os 30 melhores, o que lhe daria facilmente uma vaga entre os 24 que disputaram a Série B daquele ano.
O último grande jogador a ser revelado pelo Nacional foi o atacante maranhense França, que surgiu no clube em 1994 e depois jogou no São Paulo e Seleção Brasileira. De 1994 ate 2005, o time conquistou somente três campeonatos estaduais e não participou do certame de 1997. Enquanto isso o São Raimundo, que antes era um clube pequeno, obteve várias conquistas em nível regional, dominando o futebol amazonense por quase 10 anos.
Em 2000, devido a boa colocação no ranking da CBF, o Nacional disputou o “Módulo Amarelo” (equivalente à Série B) da Copa João Havelange. Ficou em 15º lugar no Grupo B marcando 19 pontos, em 17 jogos, sendo 5 vitórias, 4 empates e 8 derrotas, marcando 34 gols e sofrendo 37. Em 2001 o clube da estrela azul teve sua última participação na Série B do Campeonato Brasileiro, com uma péssima campanha: disputou 26 jogos, venceu 6, empatou 7 e perdeu 13, ficando na 27° posição e sendo rebaixado.
Em 2002 o clube disputou a Série C do Campeonato Brasileiro de Futebol, chegando ao quadrangular final, quando ficou em quarto lugar, atrás do campeão Brasiliense, do Marília e Ipatinga. Naquela época apenas duas equipes conseguiam o acesso a Série B.
O Nacional foi o clube de segunda melhor campanha na competição e seu atacante Wallace foi o quinto maior goleador, fazendo 8 gols. Além disso, em 1995 e em 2005, o time chegou até as quartas de final da Série C, ficando nessas outras duas vezes entre os oito melhores do campeonato.
Em 2006 o Nacional, no Estadual ficou em terceiro lugar, atrás de São Raimundo e Fast Clube. Também foi terceiro colocado na “Taça Amazonas” e eliminado na primeira fase da “Taça Cidade de Manaus”. O clube preferiu não disputar a Série C do mesmo ano, e sua vaga acabou ficando com o Rio Negro que foi o quarto colocado. O Nacional vinha de seis anos consecutivos disputando o Campeonato Brasileiro de Futebol
Na Copa do Brasil o Nacional foi o primeiro clube do Amazonas a eliminar um adversário ainda no jogo de ida, o Guará do Distrito Federal. Na “cidade satélite” de mesmo nome venceu por 2 X 0. Na segunda fase o Nacional enfrentou o Atlético (MG). No primeiro jogo empate em 2 X 2, sendo que o Nacional chegou a estar vencendo a partida. No jogo de volta, em Belo Horizonte, o Nacional foi goleado por 4 X 0.
Em 2009 o clube conseguiu a única vaga do Amazonas à Série D do Campeonato Brasileiro, ao ser campeão do primeiro turno do Campeonato Amazonense. Foi vice-campeão do torneio, ao perder para o América, de Natal na final, por 3 X 0.
Em 2010, o Nacional contratou para técnico o ex-jogador do Botafogo e da Seleção Brasileira, Alemão, que não conseguiu bons resultados. O time teve desempenho apenas razoável, e após a eliminação na Copa do Brasil para o ASA (AL), ainda na primeira fase com dois empates, Alemão pediu demissão. No Campeonato Amazonense, o time fez sua pior campanha em 22 anos, terminando em quarto lugar com 27 pontos ganhos, sendo que o clube, desde 1989, terminava sempre entre os três primeiros do campeonato.
O Nacional ainda disputou a Série D do Campeonato Brasileiro de Futebol, quando enfrentou novamente o Penharol. O clube conquistou a vaga devida à desistência da Federação Roraimense de Futebol, de colocar um clube na competição. A vaga veio através do Ranking Nacional de Clubes da CBF, o que causou uma briga judicial com o Fast Clube, que almejava a vaga.
Na Copa do Brasil de 2012, o Nacional estreou enfrentando o Coritiba, com empate em casa. No jogo de volta levou 2 X 0 em Curitiba e foi eliminado. No Estadual de 2012, não conseguiu chegar as finais.
O patrimônio do Nacional é o maior entre todos os clubes do Amazonas e consta de: sede administrativa no bairro Adrianopolis; salão de festas; Academia Nacionalina, que hoje encontra-se alugada; salão nobre para eventos sociais; Salão Mario Cortez - Sala de Troféus; Escolinha de Futebol Barbosa Filho, que conta com um campo para treino e atende cerca de 200 jovens atletas; Parque Aquatico Adelino Costo; piscina olímpica, sendo que existem apenas três no Estado: a do Nacional, a da Vila Olímpica e a do SESI.
Conta ainda com uma piscina de hidroginástica; restaurante; Centro de Treinamentos Barbosa Filho, que possui alojamentos próprios para hospedar os jogadores, funcionando também como concentração das Categorias de Base do Clube (infantil, juvenil e juniores). O Centro é composto também de campo de futebol (com medidas oficiais), vestiários, refeitório, departamento médico, sala de massagem e estacionamento. (Pesquisa: Nilo Dias)
