Após a era Pelé o Santos continuou seu caminho de glórias. Em 1978, o técnico e ex-atleta do Santos, Formiga, formou um time campeão. Os "Meninos da Vila", apelido dado pela juventude dos atletas da equipe, conquistaram o Campeonato Paulista de 1978. Destacaram-se na época Juary, Nílton Batata, Pita, Aílton Lira, entre outros.
Em 1983 o Santos montou uma equipe forte trazendo para a Vila jogadores consagrados como Serginho Chulapa e Zé Sérgio (do São Paulo) e Paulo Isidoro (do Atlético Mineiro) e conseguiu disputar a final do Campeonato Brasileiro de Futebol daquele ano com o Flamengo de Zico, vencendo a primeira partida no Morumbi por 2 x 1. Mas na final do Maracanã, jogando com alguns desfalques, o Santos acabou apenas como vice-campeão.
Com o reforço do goleiro Rodolfo Rodriguez, a equipe confirmou sua competitividade e se sagrou campeã Paulista de 1984. Após esse título, o Santos só voltou a uma final de campeonato nacional de futebol em 1995, enfrentando o Botafogo. Houve empate e acabou novamente com o vice-campeonato, num jogo em que a arbitragem foi grandemente contestada. Os santistas reclamaram do árbitro Márcio Rezende de Freitas a anulação do gol do ponta santista Camanducaia, e também a validação do gol em impedimento do botafoguense Túlio Maravilha).
O Santos voltou a ganhar títulos vencendo o Torneio Rio-São Paulo de 1997 e a Copa Conmebol de 1998, precursora da atual Copa Sul-Americana de 1998, derrotando o Rosário Central, da Argentina na final. Foi vitória de 1 X 0 na Vila Belmiro, com gol marcado por Claudiomiro, e empate em 0 X 0 no Estádio do Rosário Central.
Em 20 de janeiro de 1998, o Santos tornou-se a primeira equipe na história do futebol a alcançar a marca de 10 mil gols (gol do meio-campista Jorginho). Em 26 de agosto de 2005, atingiu a marca de 11 mil (gol do atacante Geílson). É o clube que mais marcou gols na história do futebol mundial.
Com a chega do século 21 o Santos venceu o Brasileirão de 2002 e chegou à final da Libertadores de 2003. A maior conquista do clube, fora os títulos, foi o reconhecimento internacionalde ser considerado o "Clube do Século XX nas Américas", em eleição da FIFA que premiou, no fim dos anos 1990, os melhores clubes de futebol da História. Além do Santos, o Real Madrid foi considerado o "Clube do Século XX".
Em 1999, Marcelo Pirilo Teixeira ganha a eleição a Presidência pegando o clube com uma enorme dívida e com o time em frangalhos. A administração primeiramente tentou montar um grande time com jogadores renomados e ao mesmo tempo investiu forte na base, no patrimônio e na estrutura, reformando o estádio e fazendo um CT de primeiro mundo.
Mas no início de 2002, ano em que o clube completou 90 anos, os grandes jogadores haviam saído sem conseguir títulos, apenas um vice-campeonato paulista em 2000, e o Santos teve que voltar suas atenções às categorias de base para recompor o elenco.
A "solução caseira" deu certo e o Santos encerrou aquele ano com a conquista pela sétima vez do Campeonato Brasileiro. O time que conseguiu ser campeão foi, basicamente, formado na Vila Belmiro, montado pelo treinador Emerson Leão tirando da base para a equipe principal garotos que seriam conhecidos como "Os novos Meninos da Vila" e que viraram febre no Brasil inteiro.
A dupla Diego e Robinho se tornou símbolo de um futebol vistoso e alegre, junto de Renato, Elano, Alex e Léo. No ano seguinte, com a base mantida, o “Peixe” chegou aos vice-campeonatos da Libertadores e do Campeonato Brasileiro.
Em 2006, se aproveitando que seus principais adversários estavam com as atenções divididas devido a participação na Taça Libertadores da América, o Santos conquistou o Campeonato Paulista de 2006. Foi o fim de um período de 21 anos sem levar a taça paulista. O time entrou ainda para a história dos recordes como a única equipe que venceu todas as partidas jogadas em seu estádio, 10 partidas no total. E que marcou gols em todas as partidas do campeonato, 19. (33 gols).
Em dezembro de 2009, as tumultuadas eleições para a presidência do clube tiraram do cargo Marcelo Pirilo Teixeira, que se manteve por 10 anos nessa posição. Para o seu lugar foi eleito Luis Álvaro de Oliveira Ribeiro. Com um bem executado trabalho de base surgiu outra geração dos "Meninos da Vila" que reuniu os craques Neymar, Paulo Henrique Ganso, André, Wesley, o goleiro Rafael, os quais, juntos de Robinho que voltou por empréstimo e outros jogadores e com o técnico Dorival Junior, reescreveram a história internacional do clube no cenário futebolístico. No primeiro semestre conseguiu o título de Campeão Paulista.
Depois conquistou seu segundo título no ano, o da Copa do Brasil, inédito para o clube. Foi o coroamento de uma campanha marcada por um ataque arrasador, com goleadas implacáveis como os 10 x 0 contra o Naviraiense e os 8 x 1 contra o Guarani, de Campinas, jogo em que Neymar marcou cinco vezes.
No segundo semestre de 2010, com perdas de jogadores importantes com Wesley (vendido para o Werder Bremen da Alemanha), André (vendido para o Dínamo de Kiev da Ucrânia), Robinho (que voltou do empréstimo para o Manchester City da Inglaterra), e Ganso (que se contundiu em uma partida contra o Grêmio ainda no primeiro turno e não jogou mais no campeonato), além da demissão do técnico Dorival Júnior o Santos não conseguiu ir além de um oitavo lugar e adiou a conquista da chamada "tríplice coroa", título simbólico dado a quem vencesse no mesmo ano o Campeonato Estadual, Copa do Brasil e Campeonato Brasileiro.
Em 2011 o Santos se tornou bicampeão paulista. No Campeonato Brasileiro de 2011 o Santos ficou apenas em décimo lugar. Mas coroou o ano com a conquista da Taça Libertadores da América, que lhe garantiu o direito de participar do mundial de Clubes, no Japão.
A estréia do clube na competição foi no dia 14 de dezembro, quando derrotou o Kashiwa Reysol por 3 x 1, com gols de Neymar, Borges e Danilo, garantindo vaga para a final. No dia 18 de dezembro, o Santos encarou o Barcelona, e foi derrotado por 4 x 0, com dois gols de Messi, um de Xavi e outro de Fábregas. (Pesquisa: Nilo Dias)
